Ministarstvo poljoprivrede, vodoprivrede i šumarstva Hercegbosanske županije obavlja upravne i druge stručne poslove koji su mu zakonima federacije i županije stavljeni u nadležnost i to: unapređenje poljoprivredne proizvodnje, zaštitu i korištenje poljoprivrednog zemljišta, zaštita poljoprivrednog bilja i proizvoda od uzročnika bolesti, štetočina, korova, proizvodnju i promet sjemena i sadnog materijala, prehrambena industrija, industrija stočne hrane, industrija pića, proizvodnja, otkup i industrijska prerada duhana, unapređenje stočarstva, zdravstvena zaštita životinja i kontrola zdravstvene ispravnosti namirnica životinjskog porijekla, stočne hrane i vode, ribarstvo, unapređenje proizvodnje u šumarstvu, uzgoj i zaštitu šuma, stanje drvnog fonda, exploatacija šuma, pošumljavanje degradiranih i izdanačkih šuma, goleti i krša, lovstvo i lovno gospodarstvo, režim voda, vodoprivredne planove, zaštitu voda i vodotoka od zagađivanja, uporabu i korištenje voda, kvaliteta voda i vodoopskrbu, hidromeriolaciju, obavlja i druge upravne i stručne poslove određene federalnim i županijskim zakonima i drugim propisima.